A capela foi mandada construir pelo Marquês de Viana, em 1839, como capela privativa do Palácio dos Marqueses da Praia, por eles adquirido, num espaço adjacente ao palácio, comprado à Fábrica da Louça. O projeto é do arquiteto Manuel Joaquim de Sousa. Os estuques, datados de 1864, são de Rodrigues Pita. Em 30 de dezembro de 1972 ocorreu na capela uma vigília de oposição à guerra colonial e ao Estado Novo. Faz 50 anos que um grupo de cristãos ocupou o interior da Capela do Rato como forma de protesto contra o fim da guerra em África. Este acontecimento demonstrou que o grande pilar do regime, a Igreja Católica, já não era um apoiante fiel. As repercussões da vigília levaram o Presidente do Conselho a intervir em público e a reagir num discurso na rádio e na televisão. O assunto, que chegou também à Assembleia Nacional, foi debatido em várias sessões.